Las fuerzas de seguridad de Perú arrestaron a más de 50 personas en una remota región del departamento de Loreto, cerca del río Putumayo.
Hace una semana se declaró un estado de excepción durante 60 días en esa zona.
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El presidente de Perú, Martín Vizcarra, dijo que su ejército coordinó con Colombia la ejecución de la "Operación Armagedón" que empezó el lunes temprano.
Vizcarra visitó la región selvática en la frontera con Colombia y Ecuador donde dijo que se habían encontrado cuatro centros de producción de drogas.
Declaró que la mayoría de los detenidos eran colombianos.
Perú ha expresado su temor de que disidentes del desmovilizado grupo rebelde FARC intentan establecer una presencia en la región.
El operativo sucedió después de una serie de ataques por rebeldes de las FARC contra las fuerzas de seguridad en el vecino Ecuador.
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Más de 350 efectivos de la policía y las fuerzas armadas de Perú estuvieron apoyados por cinco helicópteros, tres aviones y dos barcos en una operación conjunta con sus homólogos colombianos en la zona, según los informes.
"Somos firmes, somos claros, vamos a defender nuestra soberanía y nuestro territorio", manifestó Vizcarra.
El gobierno de Colombia acordó un acuerdo de paz con las FARC en 2016, después de 50 años de conflicto.
Sin embargo, unos 1.200 combatientes del grupo rebelde se han rehusado a deponer las armas y han seguido con las actividades de narcotráfico, según el Ministerio de Defensa de Colombia.
En mayo pasado, los rebeldes colombianos distribuyeron panfletos en la zona fronteriza con Perú que, según la agencia Reuters, instaban a los habitantes de la región a unirse a sus fuerzas.
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